パートの階層が異なる複数の形状に同じマスターマテリアルを一括設定する方法はありますか。

マスターマテリアルを複数の形状へ一括して設定するには、複数選択した形状またはパートに対して適用する方法があります。

複数選択は、[Shift]キーを押しながらクリックすると、その間の形状が選択され、
Windowsでは[Ctrl]キー、Macでは[command]キーを押しながら選択すると追加選択することができます。

マスターマテリアルを適用したい形状を複数選択したのち、表面材質の「使用」ボタンより表面材質を指定してください。
複数選択した形状へ同じマスターマテリアルが適用されます。