FBXでエクスポートすると、他ツールで中心がずれる

FBX形式はシーンの階層構造を持ちます。
FBXでエクスポートしたときに他ツールで中心がずれる場合、以下をご確認くださいませ。

原点位置の確認

三面図で、中心が原点位置になっているのを確認します。

パートを使用している場合、変換要素をクリアする

ルートパート直下にパートを配置しその中に形状を入れている場合に、
パートの形状情報ウィンドウを表示します。
ここの変換要素で「移動」が(0, 0, 0)ではない場合は、
三面図上で原点に中心がきていても、ずれが発生することになります。

この状態でFBXエクスポートし、Unityにインポートすると以下のようにギズモ（Shade3Dでのマニピュレータ）が意図した位置に来ていません。
以下はUnityにインポートしたときのキャプチャになります。
※ Pivotに対してギズモを表示しています。

Shade3Dでは、ルート直下のパートは移動/回転/せん断が(0, 0, 0)、スケールが(1, 1, 1)の単位行列となるようにします。

この状態でFBXエクスポートし、Unityにインポートすると以下のようにギズモが意図した位置に来ているのを確認できます。

このように、多くのツールではShade3Dでのパート（他ツールではNULLノードやEmptyノードと呼ばれます）の中心位置を参照します。